Werner Schroeter erblickte am 7. April 1945 im thüringischen Georgenthal das Licht der Welt. Er wuchs in Bielefeld und Heidelberg auf. Schon im Alter von fünf Jahren habe er den Wunsch geäußert, Filmregisseur zu werden. Der Oper war er verbunden, seit er 13 war – eine Arie von Maria Callas war der Auslöser dafür. Die Operdiva wurde für ihn zum Idol seines Lebens. Auf Wikipedia heißt es, dass er Callas „als Botin zwischen Gott und den Menschen“ bezeichnet habe. Nach seinem Abitur studierte er drei Semester lang Psychologie in Mannheim und arbeitete zudem als Journalist. Das Filmemachen erlernte Schroeter Ende der Sechziger autodidaktisch. In einigen seiner ersten Kurzfilme ging es inhaltlich ebenfalls um Maria Callas. Sein Studium an der Hochschule für Fernsehen und Film München brach er nach nur wenigen Wochen ab. Größere Aufmerksamkeit wurde Werner Schroeter dank seines zweistündige Experimentalfilms „Eika Katappa“ (1969) ein, der mit dem Josef von Sternberg-Preis ausgezeichnet wurde. Seit 1972 inszenierte er regelmäßig für Theater- und Opernbühnen, zum Beispiel in Berlin, Bochum,

Bonn. Mit „Palermo oder Wolfsburg“ (1980) gewann er den Goldenen Bären der Berliner Filmfestspiele. Isabelle Huppert stand mehrfach für Schroeter vor der Kamera. Schroeter bekannte sich offen zu seiner Homosexualität und führte unter anderem eine Beziehung mit Rosa von Praunheim.
Werner Schroeter starb am 12. April 2010 an den Folgen seiner Krebserkrankung in einer Kasseler Klinik.